Hội Khoa học Kinh tế Việt Nam ra đời ngày 1/7/1975 theo quyết đinh 76BT của Bộ trưởng phủ Thủ tướng Trần Hữu Dực bao gồm điều lệ ban đầu ban chấp hành do GS. Trần Phương làm chủ tịch hội. Do yêu cầu hoạt động đối ngoại trên trường quốc tế, Việt Nam cần tham gia vào các hoạt động của các tổ chức quốc tế. Hội Khoa học Kinh tế Quốc tế (IEA) là một tổ chức tạo điều kiện để các nhà kinh tế quốc tế giao lưu, trao đổi kiến thức và kinh nghiệm. Để chuẩn bị cho việc tham gia các diễn đàn kinh tế quốc tế và gia nhập IEA, năm 1974 các nhà kinh tế thuộc một số cơ quan nghiên cứu, giảng dạy và quản lý kinh tế như Viện Kinh tế, Trường đại học Kinh tế - Kế hoạch, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đã họp và tuyên bố thành lập Hội Khoa học Kinh tế Việt Nam. Hội đã được Ban bí thư Trung ương Đảng quyết định cho phép thành lập năm 1975 và được Hội đồng Chính phủ ra quyết định cho phép hoạt động năm 1975. Chủ tịch Hội là GS. Trần Phương, khi đó là Viện trưởng Viện Kinh tế.

Từ khi thành lập đến Đại hội lần thứ hai (1990), Hội lấy hoạt động đối ngoại là hướng hoạt động chủ yếu. Hội tham gia các hội nghị, hội thảo của IEA và gia nhập Hội Kinh tế của các nước thế giới thứ ba. Hoạt động học thuật ở trong nước chủ yếu dựa vào hai cơ sở: Viện Kinh tế học và Trường đại học Kinh tế - Kế hoạch. Cơ sở tổ chức của Hội còn yếu và lỏng lẻo.

Năm 1990, Đại hội lần thứ hai của Hội đã mở ra một giai đoạn mới trong sự phát triển của Hội. Hội chuyển hướng hoạt động - đẩy mạnh hoạt động ở trong nước và phát triển tổ chức của Hội. Trong một thời gian ngắn, tổ chức của Hội đã mở rộng quy mô: Hội Khoa học Kinh tế Trường đại học Kinh tế Quốc dân và Hội Khoa học Kinh tế và Quản lý Thành phố Hồ Chí Minh thành lập trước Đại hội II đã gia nhập Hội. Ba hội khoa học kinh tế ngành được thành lập: Hội Khoa học Kinh tế Năng lượng,  Hội Khoa học Kinh tế Cơ khí và Hội Khoa học Kinh tế Nông Lâm nghiệp. Tổ chức Hội cũng được hình thành ở các tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng, Quảng Ngãi, Sơn La, thành phố Nam Định, một số trường đại học và viện nghiên cứu.

Các tổ chức của Hội đã cố gắng tìm kiếm nguồn lực, thực hiện được nhiều hoạt động phong phú và đa dạng. Một số đơn vị nghiên cứu, đào tạo và tư vấn khoa học của các nhà kinh tế tự nguyện tập hợp nhau lại đã được Hội hỗ trợ thành lập và  bảo trợ về mặt khoa học. Cho đến trước Đại hội III của Hội, Trung ương Hội đã thành lập được một trường đại học (Đại học Quản lý và Kinh doanh Hà Nội), một tòa soạn báo (Thời báo Kinh tế Việt Nam), 18 trung tâm nghiên cứu, đào tạo, tư vấn khoa học. Khoảng 1000 nhà khoa học đã đươc thu hút vào hoạt động của các tổ chức đó. 20 chi hội với 500 hội viên đã được thành lập tại các cơ sở đó.

Hội có những hoạt động trong các lĩnh vực:

• Nghiên cứu khoa học, tư vấn và giám định.
• Phổ biến kiến thức và đào tạo.
• Báo chí và xuất bản.
• Đối ngoại.       

Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ III của Hội họp tháng 6/2001 tại Hà Nội. Đại hội khẳng định những hướng hoạt động chính của Hội, mở rộng và phát triển các hoạt động nghiên cứu, triển khai, tư vấn, phản biện, phổ biến kiến thức sao cho thực sự có ích đối với xã hội, đúng luật pháp  và hỗ trợ có hiệu quả cho việc nâng cao kiến thức và góp phần cải thiện đời sống của các hội viên. (xem Nghị quyết của Ban chấp hành Trung ương Hội KHKTVN nhiệm kỳ 3).

Đại hội đã bầu ra Ban Chấp hành Trung ương Hội gồm 36 ủy viên, Ban Thường vụ gồm 11 người. (xem mục Cơ cấu tổ chức của Hội)

Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ IV của Hội họp tháng 12/2006 tại Hà Nội. Tham dự Đại hội có 150 đại biểu.  Đại hội đã bầu ra Ban Chấp hành Trung ương Hội gồm 35 ủy viên.

Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ V của Hội họp tháng 12/2012 tại Hà Nội. Tham dự Đại hội có 100 đại biểu.  Đại hội đã bầu ra Ban Chấp hành Trung ương Hội gồm 51 ủy viên.    

Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI của Hội họp tháng 4/2021 tại Hà Nội. Tham dự Đại hội có 100 đại biểu.  Đại hội đã bầu ra Ban Chấp hành Trung ương Hội gồm 51 ủy viên. GS. Trần Phương - người sáng lập và là Chủ tịch Hội trong hơn 45 năm qua - được Đại hội tôn vinh là Chủ tịch danh dự của Hội. GS.TSKH Nguyễn Quang Thái được bầu làm Chủ tịch Hội.    

Hiện nay, Hội có khoảng 2000 hội viên sinh hoạt trong 12 phân hội (các hội ngành và tỉnh thành), 26 chi hội. Có 17 đơn vị khoa học trực thuộc Trung ương Hội đang hoạt động (trong đó có 1 trường đại học, 1 tòa soạn báo và 18 viện, trung tâm nghiên cứu, đào tạo, tư vấn và triển khai).

Hội là thành viên của Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam, Hội Khoa học Kinh tế Quốc tế (IEA), Liên hiệp các hội kinh tế các nước ASEAN (FAEA).